Ο γαλαξίας πλήττεται από τον Πόλεμο των Κλώνων, έναν Εμφύλιο Πόλεμο μεταξύ του στρατού των ανδροειδών, των μοχθηρών Αυτονομιστών, κατά της Γαλαξιακής Δημοκρατίας και των Τζεντάι υπερασπιστών της. Για να αποκτήσουν πλεονέκτημα στην κλιμακούμενη διαμάχη, ο Τζεντάι Άνακιν Σκαϊγουόκερ και η μαθήτρια του, Ασόκα Τάνο, αναλαμβάνουν να φέρουν σε πέρας μια αποστολή με απροσδόκητες συνέπειες που θα τους φέρει αντιμέτωπους με τον διαβόητο άρχοντα του εγκλήματος Τζάμπα Δε Χατ. Και σαν να μην έφταναν οι κίνδυνοι που τους περιμένουν στον Τατούιν, ο Άνακιν και η Ασόκα πρέπει να αντιμετωπίσουν και τους σατανικούς πράκτορες του Κόμη Ντούκου που τους καταδιώκουν – μεταξύ των οποίων και τον μυστηριώδη Ασάζ Βέντρες – οι οποίοι δε θα σταματήσουν πουθενά, προκειμένου να κατατροπώσουν τους Τζεντάι. Στο μεταξύ, στο μέτωπο, ο Όμπι-Ουάν Κενόμπι και ο Μάστερ Γιόντα ηγούνται του στρατού των κλώνων σε μια ιπποτική προσπάθεια να αναχαιτίσουν τις δυνάμεις της Σκοτεινής Πλευράς.

Set between Episode II and III the Clone Wars is the first computer animated Star Wars film. Anakin and Obi Wan must find out who kidnapped Jabba the Hutts son and return him safely. The Seperatists will try anything to stop them and ruin any chance of a diplomatic agreement between the Hutt’s and the Republic.